از آنجا که مولکول آن حاوی پیوندهای N-S است، کاتون با شکستن پیوندهای پروتئین های باکتری و جلبک، اثر باکتری کشی خود را اعمال می کند. در تماس با میکروارگانیسم ها، به سرعت رشد آنها را مهار می کند. این فرآیند مهار غیرقابل برگشت است و منجر به مرگ سلول های میکروبی می شود. قبل از مرگ سلولی، میکروارگانیسمهای تحت درمان با کاتون دیگر نمیتوانند آنزیمها را سنتز کنند یا مواد بیوفیلم چسبنده ترشح کنند. کاتون با نفوذ به بیوفیلم چسبیده به سطح تجهیزات سیستم آب سرد، میکروارگانیسم های زیر بیوفیلم را به طور موثر کنترل می کند.
به عنوان یک مشتق ایزوتیازولینون، برهمکنش های کاتون با باکتری های مختلف به طور گسترده مورد مطالعه قرار گرفته است. به عنوان یک ترکیب هتروسیکلیک، مکانیسم باکتریکشی آن عمدتاً غیر اکسیداتیو-است، و متکی بر بخش فعال هتروسیکل برای تشکیل پیوندهای هیدروژنی با بازهای DNA در پروتئینهای باکتری، جذب سلول باکتری و در نتیجه اختلال در ساختار DNA، ناتوانی در تکثیر سلولی و منجر به مرگ سلولی میشود.
